ปัจจุบัน พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในการประกอบพระราชพิธีต่างๆ ในกิจการของมหาวิทยาลัยนเรศวร และพระราชทานปริญญาบัตรแก่บัณฑิตมหาบัณฑิตและดุษฎีบัณฑิตของมหาวิทยาลัยนเรศวรเป็นประจำทุกปีนับแต่แรกเริ่มก่อตั้งจวบจนกาลปัจจุบัน โดยพิธีพระราชทานปริญญาบัตรของมหาวิทยาลัยจัดขึ้นในช่วงเดือนธันวาคม ณ ห้องพระราชทานปริญญาบัตร ภายในอาคารอเนกประสงค์